1、地壳运动：在地球发生地壳运动的过程中，地层会发生抬升、下降等变化，导致原本处于海底或海滨地带的贝壳化石被抬升到陆地上，最终形成石头上的贝壳。
2、地质变化：地球上的各种地质变化，例如火山喷发、海水涨落等都可能导致贝壳被埋藏、压实，最终形成石头上的贝壳。
3、化石形成：贝壳是生物体的一部分，当它们死亡后，会被泥土或岩石覆盖，随着时间的推移，贝壳的有机物质逐渐分解，只留下石质结构，形成了化石。这些化石最终会被侵蚀或抬升到地表，形成石头上的贝壳。
4、生活习性：石头上会有贝壳是因为很多贝类是附着在石头上生活的，而且贝类的附着力十分惊人，就算贝类死后，贝壳也会坚强的附着在石头上面，最后被海水钙化然后和石头融为一体。
在海洋中有许多种类的生物能附着在固体物体表面生长，如牡蛎、藤壶、苔虫、水螅、海鞘和一些藻类等，称为海洋污着生物。
这些生物能依靠分泌的酸性粘结性物质固着或附生于岩礁、坚硬物体（如船体）和沉积物表面。
当这些生物死亡后，苔虫、水螅和藻类等生物能腐烂消失，但一些长有贝壳的软体动物，如牡蛎、藤壶等，虽然内部的“肉”消失了，但外面的贝壳还会“长”在礁石、船底等坚硬物体表面，不会脱落下来。
这也是船舶底部要涂有毒的防污漆，防止这些生物附着的原因。
另外，有些坚硬的石头上会有许多洞，洞里住着石蛏和海笋等一些贝类。其实，这些洞是石蛏和海笋等一些贝类凿的。
它们为什么要费那么大的劲去凿这些洞呢?因为贝类的生长发育离不开石头。如果它们只吃食物而不凿石头的话是长不大的。
只有它们不断的通过凿石才能生长发育。石头那么硬，它们是怎样凿洞的呢？
原来，它们的足能分泌一种酸性液体，这种液体可以腐蚀岩石，使岩石变得酥软，然后用足和足管站在被腐蚀的岩石上支撑着身体，使贝壳快速旋转，壳上的齿纹像锯一样，不断地磨擦石面，钻成洞。
海笋的凿石本领更大，由于它繁殖的快而且多，又喜欢成群在一起生活，所以许多岩石被它们钻得像蜂窝一样。
贝类的这一凿石本领，常常会破坏港口、码头的一些建筑。因此，为了防止它们破坏，港口建筑多用一些它们钻不动的花岗石来做材料。
